Il Bastione San Gallo fa parte della Cittadella Nuova, oggi conosciuto come Giardino Scotto. Fu ideato dai fratelli San Gallo che giunsero a Pisa in seguito alla seconda conquista della città da parte dei fiorentini, nel 1509. Il loro incarico fu quello di fortificare la Cittadella per proteggerla da eventuali attacchi portati avanti dalla popolazione pisana ribelle.In realtà già dopo la prima occupazione, nel 1406, i fiorentini incominciarono a trasformare le fortificazioni della città adeguandole alle loro esigenze militari. Ma è dal 1509 che trasformano la Cittadella Nuova secondo le più innovative tecniche di difesa chiedendo aiuto a Giuliano San Gallo, all'epoca massimo esperto in materia, il quale lavorò insieme al fratello.

Giuliano progettò la Cittadella come un'isola artificiale, circondata dalle acque dell'Arno e da un fossato, con gli apparati difensivi tutti rivolti verso la città, a difesa di possibili sommosse da parte dei pisani. La costruzione si avvalse anche della consulenza di condottieri e consoli, nonchè di Macchiavelli. Terminati i lavori nel 1512, l'anno dopo Giuliano si traferì a Roma per nuovi e prestiiosi incarichi. I sistemi difensiivi 'bastionati', nei decenni successivi si diffusero in tuuta Europa.

Finito di restaurare nel 2013 il Bastione San Gallo può essere oggi ammirato nella sua veste originaria e accoglie attività museali, manifestazioni culturali e artistiche.