Oggi è uno dei parchi pubblici più frequentati della città, ma ha una storia lunga secoli che vale la pensa di essere raccontata. Lo Scotto (come abitualmente viene chiamato dai pisani), è inserito nella Fortezza Nuova o Cittadella Nuova, una grande opera di difesa costruita dai fiorentini in seguito alla loro seconda conquista di Pisa, nel XVI secolo; la storia del Giardino è, quindi, intimamente legata al luogo dove è sorto.

La Fortezza forse esisteva già in epoca precedente al medioevo e quando i fiorentini se ne impadronirono, non fecero altro che aumentarne le difese. E benchè già dopo la prima occupazione di Pisa, nel 1406, i fiorentini cominciassero a trasformare e ad adeguare alle loro esigenze militari le fortificazioni della città è subito dopo il 1509 che essi adeguarono la Cittadella Nuova alle più innovative tecniche di difesa chiedendo l’ausilio a colui che era considerato il massimo esperto dell’epoca su tali tecniche: l’architetto Giuliano da San Gallo.

Quando tutto il complesso, alla fine del secolo XVIII, non ebbe più ragion d’essere perché non più utile agli scopi militari, esso fu venduto alla famiglia Chiesa e poi, alla famiglia livornese degli Scotto che costruirono sulle mura un corridoio coperto per le passeggiate, cominciandone così la trasformazione in 'giardino delle delizie'. Trasformazione continuata in seguito dagli eredi Scotto Corsini. Da quì il principe Scotto Corsini ammirava il paesaggio della sua città e passeggiava pensieroso sul suo cavallo tra i grandi alberi ricolmi di foglie sempreverdi. E chissà quante volte, preso da curiosità, ha sbirciato verso l’oscuro sotterraneo che, si racconta, conducesse proprio dalla parte opposta del fiume. Oggi nessuno conosce il percorso preciso di questa 'scappatoia', ma il giardino è sempre lì, nel quartiere storico di San Martino, a sud dell’Arno.