Sono undici gli atenei statali che in Italia che superano i 40mila iscritti. Tale soglia è la più alta della classifica redatta dal Censis che per il 2015-2016 che valuta il valore complessivo delle università. Nella apposita categoria 'Mega Atenei' l'ateneo pisano si piazza in 4° posizione.

I parametri valutati dal centro studi sono riassunti in 5 famiglie, che nel computo totale hanno lo stesso peso da cui poi viene tratta la media aritmetica. Sono: 'servizi', 'borse di studio e contributi', 'strutture', 'web', 'internaizonalizzazione'. Il punteggio di ogni singola famiglia, a sua volta, è il frutto di una opportuna aggregazione di una serie di indicatori, specifici per ciascuna famiglia di valutazione. Si va dalla produzione scientifica ai vari dati sulle carriere degli studenti, passando per i finanziamenti ricevuti a progetti e ricerche. 

In classifica la migliore risulta essere Bologna, seguita da Padova e Firenze. Pisa paga soprattutto un deficit sul lato delle strutture e dell'internazionalizzazione. Poco ritardo sul lato web, mentre invece rivaleggia sul lato delle borse ed è superiore rispetto ogni altra università sul lato dei servizi.