L'indagine annuale di Legambiente sulle strutture e i servizi delle scuole boccia la città di Pisa. Nella classifica nazionale che comprende 84 capoluoghi di provincia Pisa si piazza al 68° posto, dietro a praticamente tutte le concorrenti toscane: Prato (4°), Firenze (17°), Siena (19°), Livorno (20°), Arezzo (29°), Pistoia (35°) e Grosseto (64°). A colpire in senso negativo è la prima posizione ricoperta nella graduatoria di rischio ambientale, che fra gli indicatori di sicurezza ha l'esposizione a fonti di inquinamento come l'amianto e il radon, oltre ai fenomeni di inquinamento atmosferico, elettromagnetico, acustico e industriale.

I dati raccolti da Legambiente, come avvisa l'associazione stessa, vengono da controlli e informazioni fornite dagli stessi Comuni, che spesso sono carenti dal punto di vista del monitoraggio delle fonti di inquinamento. La classifica può essere non del tutto veritiera, ed anzi da un lato conferma l'attenzione sul tema da parte delle istituzioni che ricoprono i vertici di questa lista, tuttavia l'indicazione è preoccupante: Pisa mostra evidenti carenze sulla sicurezza e manutenzione degli edifici scolastici.

Il rapporto "Ecosistema scuola 2014" prende in esame numerosi parametri per valutare la qualità delle strutture e dei servizi offerti. Il dato nazionale che maggiormente colpisce è che il 58% degli edifici risale a prima della legge antisismica del 1974. Per il 2013 solo il 22,2% delle strutture ha effettuato la verifica di vulnerabilità sismica, addirittura solo il 14,3% per i Comuni a rischio. In Toscana oltre il 90% degli edifici è di prima degli anni '90, motivo per cui negli ultimi 5 anni ben il 74,9% di essi ha ricevuto interventi di manutenzione straordinaria. Segno che si investe, ma anche che c'è grande bisogno di un rinnovamento generale. 

Menzione d'onore a livello nazionale per Pisa per quanto riguarda il servizio mensa. E' infatti una delle poche città, insieme a Bolzano, Cuneo, Frosinone e L'Aquila, a fornire ai propri ragazzi pasti al 100% biologici.